O Colégio Madre Alix surgiu em 25 de abril de 1951, como Externato Madre Alix. As origens do Colégio remontam à criação da primeira obra educacional da Associação de Instrução da Juventude Feminina (AIJF) no País: o Colégio das Cônegas de Santo Agostinho, chamado “Des Oiseaux”, que construiu uma trajetória de prestígio na primeira metade do século 20. Com o passar dos anos, a escola tornou-se pequena para atender à demanda crescente, levando as irmãs à construção de um novo estabelecimento de ensino na capital paulista.
Projetado pelo arquiteto Carlos Gomes Cardim e construído pelo escritório do engenheiro Arnaldo Maia Lello, o belo edifício do Colégio Madre Alix integrava-se à então bucólica paisagem do Jardim Paulistano, longe do burburinho do centro urbano. A ligação bairro – cidade, à época, era feita por bonde, que percorria a Alameda Gabriel Monteiro da Silva.
O Externato abriu as portas atendendo a 380 alunas, com idades entre 6 e 10 anos. Em prédio anexo funcionava a Escola Nazaré, com outras 184 crianças – a cada novo empreendimento educacional, a Congregação se comprometia a abrir um correspondente estabelecimento de ensino gratuito, para atender as famílias menos favorecidas economicamente. A inauguração oficial das instalações do Madre Alix aconteceu em 28 de agosto de 1951 (Dia de Santo Agostinho), com celebração de missa festiva pelo Bispo Auxiliar de São Paulo, Dom Paulo Rolim Loureiro.
Desde então, acompanhando o desenvolvimento da cidade e as demandas da população, a escola, gradativamente, teve seu espaço físico ampliado. O ano de 1960 assinalou o início das classes de nível ginasial (atual Ensino Fundamental II, de 6º ao 9º ano). Dez anos depois, em sintonia com os movimentos de modernização pedagógica, veio a adoção de classes mistas.
